Guaymas: "Tirar flechas a la cabeza".
Según el idioma Cahíta.
Ibarra de Anda, Geonimia Indígena Mexicana.
Se designa con este apelativo a la región habitada por la tribu Guaima.

El primero en reconocer la bahía de Guaymas parece haber sido Francisco de Ulloa compañero de Hernán Cortés, quien en los navíos Santa Agueda y el Trinidad quien sin nombrarla debe haberla explorado el 14 de septiembre de 1539 puesto que  en su Relatione hace alusión a un buen puerto, con 2 entradas separadas por una isla al cual calificó como "la bahía de bahías".
A principios de 1701 el P. Juan María Salvatierra S.J. llegó a Guaymas y fundó la misión de San José de La Laguna en lo que hoy es San José de Guaymas. A la muerte del padre Salvatierra la misión quedo abandonada por varios años. Don Juan de Gálvez visitador General del Virreinato de Nueva España desde el Real de Alamos emitió el siguiente decreto el 31 de agosto de 1769: "Para que el importante puerto de Guaymas donde ahora se halla establecido uno de los cuarteles de la expedición de Sonora pueda prosperar, en el se construirán casas y almacenes con la debida economía, distribuyéndose al mismo tiempo solares y suertes de tierra a los particulares que quieran avecinarse en aquel paraje".
En 1813 la nao "Rey Fernando" estuvo fondeada en la bahía de Guaymas, durante 5 meses e hizo exploraciones de profundidad, se dibujó un mapa en donde solo aparece una casa blanca. Al año siguiente los pilotos de la corbeta "San José que permaneció en el puerto dos meses, verificaron las medidas tomadas el año anterior.

El 26 de marzo de 1814, las Cortes Españolas aprobaron el tráfico marítimo de cabotaje por Guaymas. El jueves 9 de noviembre de 1820 fue declarado abierto al comercio de altura el puerto de Guaymas, y el 20 de noviembre del mismo año se estableció la aduana marítima.

Don John A. Robinson, ciudadano norteamericano y más tarde agente consular en Guaymas, en sus memorias dice haber visitado San Fernando de Guaymas en 1821 y que entonces sólo había una casa que servía de aduana y una choza al pie del cerro, habitada por un ladrón ya que la población radicaba en San José de Guaymas.

En 1825, La Constitución Política Local dispuso que se formaran los ayuntamientos, desde ese año tiene Guaymas la categoría de municipio.

En 1827 se registra el primer movimiento comercial en el nuevo puerto de Guaymas, movimiento de importacón con la llegada de cuatro buques trayendo 650 toneladas de diversos productos con valor de $104,947 pesos, 7 reales.

Las primeras construcciones para mejorar el movimiento marítimo se iniciaron el primero de noviembre de 1836, siendo Gobernador del Estado Manuel Escalante y Arvizu, dan comienzo las obras de construcción del primer muelle en Guaymas, el presupuesto se cubrió con donativos y con la imposición de una cuota moderada a las importaciones y exportaciones, se dió el contrato a D. Manuel Inigo y se empleo en la construcción a los reos sentenciados que existían en las cárceles del estado.
Por su ubicación marítima a Guaymas le toca ser víctima de agresiones, invasiones y filibusterismo.

En 1847 el 16 de octubre aparece en la bahía la flota norteamericana formada por goleta "Portsmouth", la fragata "Congress" y el bergantín"Argos" a los que después se une la corbeta "Vail". Anclan entre la isla de Pájaros y la del Almagre Grande. Días después abren fuego de sus cañones contra el puerto. Queda Guaymas en manos de los norteamericanos hasta julio de 1848 que se firmó el tratado Guadalupe-Hidalgo que nos costo parte del territorio Nacional.

En 1851, el Marques de Pindray joven vagabundo francés salta a tierra de la barca"Cumberlan" acompañado por ochenta y ocho secuaces, arma un alboroto en le puerto, y se interna en el estado para morir en el pueblo de Rayón de un balazo en la cabeza.

En 1853 uno de los mas extraordinarios aventureros de aquellos tiempos, William Walker, de Tennessee, llega a Guaymas con proyectos de filibusterismo que disfraza con propósitos de colonización y es rechazado por las autoridades de Guaymas, regresando a California, siete años después muere en Honduras fusilado por flibusterismo.

En 1854, llega a puerto el velero inglés "Challenge" con filibusteros contratados en San Francisco, llega detrás de ellos en la goleta de 10 toneladas llamada "La Belle" el Conde Gastón Raousset-Boulbón que con sueños de conquistador desea adueñarse de Sonora. El 13 de julio de ese mismo año, poco después de las 2:00 de la tarde más de 400 filibusteros comandados por el conde iniciaron la acometida contra el puerto, los Guaymenses bajo el mando del General José María Yáñez se jugaron la vida en la defensa, muchos la pierden, y al llegar el crepúsculo la hueste en derrota se entrega prisionera, La Belle se va fugitiva por el mar de Cortés, y el 12 de agosto a poca distancia del muelle el Conde es fusilado.

El 13 de julio de 1859 el Gobernador Pesqueira por decreto dispuso "... En uso de las facultades que me hallo envestido y tomando en consideración el importante servicio prestado a la Nación por el pueblo de San Fernando de Guaymas el 13 de juo de 1854, de gloria para la República, he tenido a bien decretar: Art. único. Se confiere el título de Ciudad de San Fernando de Guaymas a la Villa de este nombre, ...".

En 1865 buques franceses arriban al puerto, comandados por el General Gastagny; atacan a las fuerzas republicanas obligándolas a retirarse. La ocupación francesa duro hasta el 14 de septiembre de 1866 en que la voz vibrante de la trompeta anuncia la llegada de los macheteros a mando del General Angel Martinez, mientras los invasores galos se embarcaban para abandonar el puerto.
A la par de estos acontecimientos, el Puerto de Guaymas se fue desarrollando siendo varias las compañías navieras que utilizaban a Guaymas como puerto, la Pacific Mail Steamship, Co. enviaba el buque "Curazao", que efectuaba viaje redondo mensual entre San Francisco California y Guaymas haciendo escala en Ensenada, San José del Cabo, Mazatlán, Topolobampo, Santa Rosalía y la Paz.

En 1860, The Mexican Weast Coast Steamship Co. hacía que los trece buques de la pacific Mail & Steamship Co., hicieran escala en los puertos de la paz, Guaymas, Mazatlán y San Blas.

El primero de diciembre de 1886 comienza a funcionar el faro de Cabo Haro, construido por el Ing. Mr. Bien y se encontraba situado a 27 grados 5 minutos, 41 segundos, latitud Norte y 110 grados, 54 minutos, 14 segundos, longitud Oeste de Greenwich. El aparato era del tipo dióptico de cuarto orden, de luz constante con destellos a intervalos de 30 segundos. El alcance geográfico de la luz era de 45 km. Aproximadamente. Ese mismo año la Cia. Wells Fargo estableció su primera sucursal fuera de Estados Unidos en Guaymas.

Nada despertaba más interés que el arribo de los grandes barcas alemanas, de cuatro palos, que con las velas desplegadas entraban por el Golfo de Cortés, tras dilatada navegación desde Hamburgo. Del propio puerto de Hamburgo traían sus espaciosas bodegas repletas de artículos de la mas delicada manufactura, nunca igualados por los que de los Estados Unidos nos llegaron mas tarde: vajillas de cristal, de loza o de porcelana; utensilios de cocina, con esmalte o sin el; cuchillería y otros mil de insuperable calidad; de los mejores telares del mundo, lino inglés cargado en Liverpool.

En 1880 se celebró contrato con el Sr. John Bermingham para que el vapor "Newbwen" de la compañía de California, hiciera una comunicación mensual entre Mazatlán y San Francisco California tocando los puertos de La Paz, Guaymas, Cabo San Lucas y Bahía Magdalena. Ese mismo año el 6 de mayo la compañía Ferrocarril de Sonora, subsidiaria del ferrocarril americano Atchison Topeka y Santa Fé, iniciaron el relleno de un tramo de mar que en ese entonces separaba a la isla de La Ardilla, de tierra firme.
Fue construido un muelle de acceso, para recibir los distintos material y maquinarias para el ferrocarril y allí se recibió la primera locomotora que se conoció en el estado.
A fines del siglo XIX Guaymas contaba con la flota mercante de mayores proporciones que había conocido México, formada por once vapores de carga y pasajeros que navegaban entre Salina Cruz y este puerto, y que alguno de ellos extendía a veces su recorrido hasta San Diego California. La flota era propiedad de la Cía.
Naviera del Pacífico, S.A. dirigida por Don Luis A. Martínez, en esos años la Cía. del Boleo S.A. compró un pequeño barco de vapor llamado Korrigan de 201 toneladas, y posteriormente el Korrigan II y el Korrigan III. Estos vapores llegaban al puerto de Guaymas cargados con mineral de cobre de Santa Rosalía. En 1890 Guaymas contaba con una población de 10,000 habitantes quienes se sentían orgullosos de vivir en una ciudad con servicios modernos que les permitía prosperar sus negocios; electricidad, telégrafo, correo eficiente, ferrocarril urbano y una vía de ferrocarril hasta la frontera con Estados Unidos, y sobre todo una comunicación con los principales puertos del mundo a través de sus grandes empresas navieras. La economía del puerto era las más importante del estado, estaban establecidas en el puerto un gran número de casa comerciales y era un centro cosmopólita formado por extranjeros de varias nacionalidades cuyos apellidos llevan multitud de descendientes sonorenses.
Con el inicio de la revolución la economía de Guaymas se vió muy afectada, varios de los buques de las navieras Guaymense fueron entregados al ejército y otros vendidos en San Diego California. El 30 de mayo de 1913, en el puerto de Guaymas, Son, México., se encontraban fondeadas cinco naves de guerra en la bahía , pertenecientes a las fuerzas "Federales", y el piloto Masson y Joaquín Bauche, recibieron instrucciones del General A. Obregón para que iniciaran un bombardeo a las naves desde el avión "Sonora". Este fue el primer bombardeo aéreo sobre un objetivo naval en el mundo.
En 1925 se construyen las instalaciones portuarias en Punta de Lastre, constituidas por el muelle de la zona naval.

El 5 de noviembre de 1935 la Legislatura Local vota le siguiente decreto: "Se concede a la Ciudad y Puerto de Guaymas el título de Heroica, por la acción de armas del 13 de julio de 1854, en cuya fecha patriótica hijos de Guaymas defendieron con heroicidad su suelo, la integridad del Estado y la Patria Misma..."

En 1942 se construyen el muelle y bodega de La Ardilla, que años atrás habían sido arrasados por feroz incendio, con estas instalaciones comienza a esbozarse la zona comercial.

En 1954 las actividades comerciales comienzan a tener un papel relevante de nueva cuenta, por lo que se construye el muelle patio, conformado por las bandas este y sur, así como el patio fiscal y la primera maniobra en el nuevo muelle patio fue realizada el día siete de mayo de 1955 a las 16:00 hrs. Por el vapor nacional "Tabasco". En 1960 las instalaciones se complementan con el muelle de chalanes.

En 1961 Se construye el muelle de PEMEX para la descarga de fluidos y para el suministro a buques se construye el muelle de combustible.

En 1964 se construye la unidad de silos para la exportación de granos. Ese mismo año la Secretaría de Marina construye en el puerto el Varadero nacional para las reparaciones navales.

En 1972 Se constituyó en la ciudad de México la empresa de participación estatal "Servicios Portuarios de Guaymas". Durante la década de los 80 se optimizan los tiempos de carga y descarga con la construcción del patio de contenedores, el muelle para gas además de otras     obras on las que la iniciativa privada comienza a mover sus productos e insumos por la vía marítima, tal como es el caso de la Compañía Mexicana de Cobre, el muelle de Cemex y los tanques de la compañía Mexicana de Acido Sulfúrico.

En 1995 entra en funciones la figura ADMIMISTRACION PORTUARIA INTEGRAL DE GUAYMAS en substitución de Servicios Portuarios de Guaymas cuyo principal objetivo es administrar, supervisar, controlar y promocionar bienes, servicios y actividades dentro del Recinto Portuario. Opera con utilidades y recursos propios logrando su autosuficiencia financiera, resultado de ingresos por concepto de cesiones, tarifas portuarias y prestación de servicios.