Gracias a las características geograficas del puerto de Guaymas, es un puerto con áreas de navegación protegidas de manera natural por la Isla de Pájaros y Punta Baja, el puerto no requiere de obras de protección, como escolleras, rompeolas u otro tipo de infraestructura de protección.

La variación normal de la marea es de aproximadamente tres pies (0.884 m).

Actualmente el Puerto de Guaymas dispone de 6 muelles para atender a los diferentes tipos de carga que maneja.